Оркестр Фудзими

События разворачиваются в период, когда сёгунат Токугава продолжает управлять регионом Эдо. Власть в регионе перешла к пришельцам, и часть местного населения с этим смирилась. Однако некоторые самураи не приняли сложившийся порядок и ведут скрытую борьбу против действующего правительства. В среде сопротивления отсутствует единая структура, поэтому в рядах повстанцев действуют в основном бандиты, сотрудничающие с инопланетными союзниками.

Прошло два года с момента событий первого сезона. За это время многие персонажи изменились и стали сильнее благодаря постоянным тренировкам. Ученик Синпати Симура доволен тем, что его команда из агентства Гин на все руки снова участвует в приключениях. Гинтоки, выполняющий роль учителя и руководителя, превратился в опытного бойца, чье тело покрыто шрамами. Жизнь в районе Кабуки продолжается своим чередом, несмотря на политическую напряженность и активность различных группировок.