Бесшумный флот

После поражения Мьюри Ундзэн от рук Медаки Куроками и её студенческого совета в Академии Хаконива наступило временное затишье. Однако вскоре Медака, Дзэнкити Хитоёси, Коки Акунэ и Могане Кикаидзиме сталкиваются с новой угрозой. В академии начинают происходить странные события, связанные с директором школы, который скрывает свои истинные намерения. Он запускает «План Флакона» - проект, основанный на манипуляциях и подавлении, который постепенно поглощает окружающее пространство.

Основная опасность исходит от группы новых студентов под названием «Партия тринадцати». Эти сверхспособные учащиеся во главе с харизматичным и самоуверенным Удо Мияконодзе стремятся захватить власть и разрушить порядок, установленный после прошлой битвы. Удо обладает значительной силой и продуманными планами, что делает его серьёзным противником для студенческого совета. Ситуация осложняется появлением старого врага, который был побеждён ранее, но теперь возвращается, чтобы завершить начатое.